Jak deklaruje ZTM, SKM S1 i S2 wrócą na swoje standardowe trasy, czyli Otwock – Pruszków oraz Warszawa Lotnisko Chopina – Sulejówek Miłosna w częstotliwości dwa pociągi na godzinę. Linia S3 wróci zaś na kolejową linię średnicową. Pociągi wszystkich tych linii przejeżdżać będą przez stację Warszawa Śródmieście. Zamiast dwóch, będzie ich pięć.

Zarząd Transportu Miejskiego oznajmił również, że od czerwca będzie możliwe wydłużenie trasy linii S40 do dworca Warszawa Główna. Obecnie pociągi tej linii kursują do stacji Warszawa Rakowiec. Zmiana ta przyniesie ze sobą możliwość dogodnej przesiadki do tramwajów i autobusów, które odjeżdżają z okolic Placu Zawiszy.

W planach Zarządu Transportu Miejskiego jest też wydłużenie trasy S40 aż do Radzymina, prowadzącej przez Warszawę Gdańską. To zaś oferowałoby dogodne przesiadki na stacjach metra M1 Dworzec Gdański i M2 Młynów. Ostateczna decyzja w tej kwestii należy jednak do zarządcy infrastruktury kolejowej, spółki PKP Polskie Linie Kolejowe.